Le marché des logiciels de comptabilité n’a jamais été aussi vaste. Entre outils de facturation, solutions comptables en ligne et ERP, il est difficile de s’y retrouver

Il peut être tentant de choisir son logiciel comptable par popularité ou recommandation, mais on en oublie de prendre en compte ses propres besoins réels. Pourtant, un outil inadapté peut freiner la gestion quotidienne et compliquer la croissance.

Dans cet article, nous avons listé les logiciels les plus performants du moment et les avons classés par taille d’entreprise (micro-entreprise, TPE, PME, ETI et GE). 

Vous y trouverez également une liste des critères essentiels à prendre en compte pour un choix stratégique.

Qu’est qu’un logiciel de comptabilité ?

Un logiciel de comptabilité est un outil numérique permettant d’assurer la tenue comptable et la gestion financière d’une entreprise de manière structurée et conforme aux obligations légales.

Dans les fonctions de base, on retrouve :

• La saisie des écritures comptable
• La gestion des factures clients et fournisseurs
• Le suivi des encaissements et décaissements
• Le rapprochement bancaire
• Les déclarations de TVA
• L’édition du bilan et du compte de résultat

Selon la taille et la complexité de l’entreprise, les fonctionnalités évoluent.
 Elles peuvent aller d’un simple outil de facturation adapté aux free-lances, à une solution complète de tenue comptable pour les TPE, jusqu’à des logiciels intégrant des modules plus avancés (gestion commerciale, gestion des stocks, pilotage financier) pour les PME, ETI et grandes entreprises.

Top 20 des logiciels de comptabilité par taille d’entreprise

Parmi les nombreuses offres disponibles, certaines solutions se sont imposées comme des références pour leur fiabilité et leurs fonctionnalités.

Pour s’y retrouver, nous les avons classées selon la taille et les besoins d’une entreprise : ceux d’un free-lance ne sont pas ceux d’une PME ou d’une grande structure.

Voici une sélection des outils les plus reconnus.

Logiciels comptables pour les indépendants

Les freelances et micro-entrepreneurs ont des obligations comptables simplifiées. Ils doivent principalement déclarer leur chiffre d’affaires auprès de l’URSSAF et de l’administration fiscale. Un logiciel simple de devis et facturation, avec suivi des paiements, répond donc à leurs besoins.

Indy

Indy est une application en ligne avec une prise en main intuitive. Elle permet de créer des devis et des factures, de suivre les paiements et d’assurer une gestion comptable sans complexité

L’application propose également un compte professionnel gratuit, et de nombreuses ressources pédagogiques utiles pour démarrer son activité.

Abby

Abby est également une solution en ligne conçue pour les micro-entrepreneurs et freelances. Elle facilite la création de devis et de factures, le suivi du chiffre d’affaires et la gestion des déclarations liées au statut d’auto-entrepreneur.

Simple d’utilisation et accessible en termes de tarifs, elle répond aux besoins d’une activité avec obligations comptables allégées. Abby propose également des prestations de création de société.

Tiime

Tiime permet de gérer devis et factures, de suivre les paiements et de centraliser les justificatifs grâce à une interface moderne et intuitive.

L’outil met l’accent sur la simplicité et l’automatisation, et sa disponibilité en version mobile. Il propose également l’ouverture d’un compte bancaire professionnel et le dépôt de capital pour la création de société.

Henrri

Henrri est un logiciel de facturation en ligne particulièrement apprécié des indépendants et petites structures. Il permet de créer des devis et des factures conformes, de suivre les règlements et de gérer la relation client.

Facture.net

Comme pour les autres applications, Facture.net propose la création de devis/factures. Ce logiciel mise sur son design épuré et sa fonction CRM pour gérer ses clients.

Accessibles et performantes pour démarrer une activité, ces solutions conviennent parfaitement aux comptabilités simplifiées. Cependant, leurs fonctions sont limitées dès lors que le volume d’opérations ou la complexité de l’activité augmente.

Les logiciels comptables adaptés aux TPE

Les TPE font face à des obligations comptables plus structurées que les freelances.

Selon leur statut juridique et leur régime fiscal, elles tiennent généralement une comptabilité d’engagement, impliquant l’enregistrement des opérations en débit et crédit ainsi que l’utilisation de journaux comptables.

La gestion devient également plus complexe avec l’augmentation du volume de factures, la déclaration de TVA et, même pour certains, l’emploi de salariés.

Pour les TPE un logiciel intégrant des fonctionnalités plus avancées sur la gestion comptable, le suivi de trésorerie, voire la gestion de la paie, devient indispensable. Parmi les plus populaire on trouve aujourd’hui :

Pennylane

Pennylane offre plusieurs modules comme la gestion des achats et des notes de frais. C’est une solution collaborative proposant un dashboard plus poussé qui sera apprécié des entreprises en croissance qui souhaitent gagner en visibilité financière sans basculer vers un ERP plus complexe.

EBP Comptabilité en ligne

EBP permet la saisie des écritures, la gestion des journaux comptables, le suivi de la TVA et l’édition des états financiers.

Le logiciel offre également la possibilité de produire et télétransmettre la liasse fiscale selon le régime de l’entreprise, ce qui en fait un outil complet pour une gestion autonome.

Odoo

Odoo est une solution modulaire : elle permet de gérer la facturation, la comptabilité, les achats, les ventes et les stocks au sein d’un environnement évolutif.

La plateforme propose également une gestion multi-sociétés, un atout pour les structures qui développent plusieurs entités.

Cependant Odoo nécessite un paramétrage plus structuré qu’un logiciel comptable classique.

Evoliz

Evoliz centralise la gestion des devis, factures, achats et trésorerie, tout en s’appuyant sur de nombreuses applications connectées (banques, outils de paiement, CRM…).

Le logiciel permet la visualisation de tableaux de bord et des rapports prévisionnels pour anticiper la trésorerie et piloter l’activité.

Compta Clémentine

Compta Clémentine est une solution en ligne combinant logiciel comptable et accompagnement par un expert-comptable. Elle permet aux TPE de gérer leur facturation, leur comptabilité et leurs obligations fiscales tout en bénéficiant d’un suivi professionnel à distance.

Cette approche hybride rassure les dirigeants qui souhaitent conserver une gestion simplifiée tout en étant accompagnés sur les aspects techniques.

Les logiciels comptables adaptés aux PME et ETI

Les PME et ETI doivent gérer des flux plus importants, parfois multi-sociétés, avec des besoins accrus en reporting, contrôle et suivi de trésorerie.

Pennylane

Pennylane apparaît à nouveau dans cette sélection, car cet outil évolue avec la croissance de l’entreprise et propose des fonctionnalités adaptées aux besoins des PME comme : le suivi des marges par client ou projet et l’analyse approfondie des charges.

Archipelia

Archipelia est une solution complète destinée aux PME et ETI ayant des besoins exigeants et multi-activités. Elle intègre la comptabilité, la gestion commerciale, les achats, les stocks, la trésorerie et le pilotage financier au sein d’un environnement unifié.

La solution est particulièrement adaptée aux entreprises de négoce, retail, e-commerce, industrie et agroalimentaire, où la gestion des flux, des marges et des stocks est stratégique.

Sage 50 Compta

Sage 50 est un logiciel de comptabilité largement implanté auprès des PME. Elle couvre la comptabilité générale et auxiliaire, la gestion commerciale, la trésorerie ainsi que la production des états financiers et de la liasse fiscale.
 Appréciée pour sa robustesse et sa fiabilité, elle convient aux entreprises recherchant un cadre structuré avec des fonctionnalités avancées sans basculer vers un ERP international plus complexe.

Cegid XRP Flex

Cegid XRP Flex est un ERP cloud destiné aux PME et ETI souhaitant centraliser leur gestion financière et opérationnelle.

La solution est particulièrement adaptée aux environnements multi-sociétés, avec une gestion structurée des flux inter-entités et une consolidation facilitée des données financières. Elle s’adresse aux entreprises recherchant une visibilité globale et un contrôle renforcé de leurs opérations.

Divalto

Au-delà de la comptabilité et de la gestion commerciale, Divalto intègre des fonctionnalités terrain telles que l’expédition des commandes, la gestion logistique et la GPAO (gestion de production assistée par ordinateur).

La solution est particulièrement adaptée aux entreprises de l’industrie, du négoce, de la distribution et aux structures disposant de forces commerciales ou techniques sur le terrain. Elle convient aux organisations recherchant un ERP combinant pilotage financier et gestion opérationnelle.

Proginov

Proginov se distingue par son positionnement sectoriel fort, avec des adaptations spécifiques pour des filières telles que la sous-traitance aéronautique, la confection textile, les carrières et sablières ou encore le transport. Elle s’adresse aux entreprises évoluant dans des secteurs techniques nécessitant des fonctionnalités métiers pointues.

À ce niveau de développement, la comptabilité exige une haute performance et d’intégration de flux. Mais certaines structures dépassent encore ce cadre et nécessitent des solutions internationales, robustes et hautement structurées.

Logiciels de comptabilité pour ETI et grandes entreprises

Les ETI et grandes entreprises évoluent dans des environnements complexes, souvent multi-sociétés et multi-sites. Elles ont besoin d’ERP capables de gérer des volumes importants, de consolider les données financières et de répondre à des exigences en matière de contrôle et de conformité.

Oracle

Oracle gère la comptabilité, la consolidation, la gestion budgétaire, le contrôle interne à grande échelle.

Particulièrement adapté aux environnements multi-filiales et internationaux, il permet d’assurer la conformité réglementaire et de sécuriser les processus. Oracle s’adresse aux organisations recherchant une solution robuste, capable de gérer des volumes importants et des structures complexes.

SAP

SAP est l’un des ERP les plus implantés auprès des grandes entreprises et groupes internationaux. Reconnue pour sa capacité à structurer des organisations complexes et multi-filiales, SAP permet d’unifier les données financières et opérationnelles à grande échelle.

Microsoft

Microsoft Dynamics 365 couvre la comptabilité, la gestion financière, le contrôle de gestion et l’intégration avec l’ensemble de l’écosystème Microsoft.

Particulièrement adaptées aux organisations multi-entités, Microsoft Dynamics 365 offre une forte interconnexion avec les outils collaboratifs (Office, Power BI, etc.).

Workday

Workday est une solution cloud spécialisée dans la gestion des ressources humaines, la gestion financière et les tâches administratives. Elle exécute la comptabilité, la planification budgétaire, le reporting, les processus RH et administratifs.

Sage

On retrouve la solution Sage dans une autre version adaptée aux grandes entreprises : à travers ses gammes dédiées aux environnements structurés et multi-sociétés. La plateforme couvre la comptabilité, la gestion financière, le contrôle de gestion et la consolidation.

Infor

Infor propose des solutions ERP destinées aux grandes entreprises, avec une forte spécialisation sectorielle de l’industrie : distribution, manufacture et hôtellerie. La plateforme couvre la gestion financière, la production, et la supply chain dans des environnements complexes.

Choisir un logiciel de comptabilité est un choix difficile devant ces nombreuses offres. Afin de trouver le bon et d’éviter les changements qui conduiraient à une perte de temps, on peut se fixer une liste de critères pertinents.

Comment choisir un logiciel de comptabilité ?

Comme détaillé précédemment, le choix d’un logiciel de comptabilité doit d’abord être cohérent avec la taille de l’entreprise. Opter pour une solution trop lourde peut compliquer l’utilisation au quotidien, tandis qu’un outil limité risque de freiner la croissance.

Pour se faire une idée concrète, on peut commencer par consulter des démonstrations disponibles sur les sites des éditeurs.

Certains éditeurs proposent également des webinaires de présentation permettant de découvrir les fonctionnalités en situation réelle.

Enfin, les périodes d’essai gratuites constituent un excellent moyen de tester les outils et de savoir rapidement si l’on est à l’aise avec l’interface.

Enfin, il est également important de prendre en compte la qualité de l’assistance et du support client.

Les avantages d’un logiciel de comptabilité

Un logiciel de comptabilité fait gagner du temps dès les premières utilisations. Il permet de créer devis et factures conformes et d’automatiser les relances clients pour sécuriser les paiements.

Il simplifie les échanges avec l’expert-comptable grâce à l’export du FEC et à l’accès partagé aux documents, évitant ainsi la transmission des nombreux classeurs et autres supports physiques encombrant.

On note également que les opérations sont facilitées grâce à la connexion bancaire automatique, aux journaux pré-paramétrés et au plan comptable déjà intégré selon les normes en vigueur. Cela pose un cadre même si l’on n’est pas un expert.

Enfin, le dirigeant bénéficie d’une meilleure visibilité et disponibilité de ses données.

Choisir son logiciel comptable : les 7 critères de sélection

Afin de s’y retrouver on peut se former une check-list de 7 critères indispensables à cocher :

• Conformité légale
  Le logiciel doit respecter les normes comptables en vigueur, permettre l’édition des états financiers et garantir la production du FEC
• Prise en main
  L’outil doit être intuitif et adapté au niveau de compétence des utilisateurs
• Automatisation (OCR, IA, intégration bancaire)
  Les fonctionnalités d’automatisation permettent de réduire les saisies manuelles : import bancaire, reconnaissance de factures (OCR), catégorisation automatique. Moins de saisies signifient moins d’erreurs et un gain de temps significatif
• Pilotage financier
  Au-delà de la tenue comptable, le logiciel doit offrir des tableaux de bord clairs pour suivre le chiffre d’affaires, la trésorerie, la marge ou le BFR
• Évolutivité
  Le logiciel doit pouvoir accompagner la croissance de l’entreprise : multi-utilisateurs, multi-sociétés, modules complémentaires ou intégration ERP si nécessaire
• Sécurité et hébergement
  Les données financières sont sensibles. Il est essentiel de vérifier l’hébergement (cloud sécurisé, sauvegardes régulières), la protection des accès et la conformité RGPD
• Coût total (TCO)
  Au-delà du prix mensuel, il faut intégrer le coût global : licences, paramétrage, formation, maintenance et éventuels modules supplémentaires. Le choix doit être cohérent avec le budget et le retour sur investissement attendu

Dans le contexte réglementaire actuel, on peut même ajouter un critère supplémentaire : la conformité du logiciel à l’obligation de la facturation électronique.

Facturation électronique : pourquoi ça change le choix de son logiciel

La réforme de la facturation électronique pour septembre 2026 invite les entreprises à anticiper dès maintenant leur mise en conformité.
 Être prêt dans les délais ne sera pas une option : le choix du logiciel devra intégrer cette exigence réglementaire.

Il est essentiel de vérifier si le logiciel envisagé a déjà engagé les démarches nécessaires pour être compatible avec le futur dispositif (Plateforme de Dématérialisation Partenaire – PDP).
 Certains éditeurs communiquent d’ores et déjà sur leur préparation et leur positionnement vis-à-vis de l’agrément et une liste officielle est disponible sur le site impot.gouv.

Conclusion

Choisir un logiciel de comptabilité ne consiste pas à sélectionner le plus populaire ou le plus complet. Il s’agit avant tout d’opter pour un outil cohérent avec la taille, la complexité et les ambitions de sa structure. Bien choisi, il accompagne l’entreprise à chaque étape de son développement. Il est important de prendre le temps de comparer et tester afin d’avoir une idée précise et faire le bon choix.

FAQ – Logiciel de comptabilité